มหาวิทยาลัยพะเยา เป็นมหาวิทยาลัยที่จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นการกระจายโอกาสทางการศึกษาแต่เดิมอยู่ภายใต้การดูแลของมหาวิทยาลัยนเรศวร ใช้ชื่อว่า มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2538 ต่อมาในปี พ.ศ. 2550 สภามหาวิทยาลัยนเรศวรได้มีมติเปลี่ยนชื่อเป็น มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา และเมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม พ.ศ. 2553 พระบามสมเด็จพระบรม ชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราชบรมนาถบพิตร ได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้า โปรดกระหม่อมให้ตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยพะเยา พุทธศักราช 2553 ขึ้นและได้ประกาศ ในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 จึงได้ถือว่ามหาวิทยาลัยพะเยาได้แยกออกจากมหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นมหาวิทยาลัยพะเยา (University of Phayao) โดยสมบูรณ์แบบตั้งแต่วันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 พร้อมมุ่งสู่การพัฒนาให้เป็นมหาวิทยาลัยที่มีศักยภาพและผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพได้มาตรฐานสากลรวมทั้งการพัฒนาองค์ความรู้สู่ชุมชนให้เข้มแข็ง เพื่อยกระดับคุณภาพชีวิตของชุมชนในพื้นที่ ดังปณิธาน “ปัญญาเพื่อความเข้มแข็งของชุมชน” ปัจจุบันได้มีการจัดการเรียน การสอน จำนวน 17 คณะ 2 วิทยาลัย 1 วิทยาเขต และ 1 โรงเรียน ซึ่งแบ่งเป็น 3 กลุ่มสาขาวิชา ได้แก่ กลุ่มสาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี กลุ่มสาขาวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพและกลุ่มสาขาวิชามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
ปี 2563 มหาวิทยาลัยพะเยาได้มีการปรับปรุงโครงสร้างภายในส่วนงานบริหารมหาวิทยาลัยพะเยา เพื่อให้สอดคล้องและเหมาะสมตามวัตถุประสงค์และนโยบายของมหาวิทยาลัย จึงให้ยุบเลิก “ศูนย์ปฏิบัติการวิชาชีพการโรงแรมและการท่องเที่ยว” “หน่วยจัดหารายได้” “ร้านของที่ระลึก” และ “หน่วยกฎหมาย” และให้โอนย้ายไปเป็นภารกิจของกองกฎหมายและทรัพย์สิน โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2563 ตามมติคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยพะเยา ในคราวประชุม ครั้งที่ 39 (18/2563) เมื่อวันที่ 23 กันยายน พ.ศ. 2563 ดังนั้น กองกฎหมายและทรัพย์สิน จึงได้จัดตั้งขึ้นตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2563 ตามมติสภามหาวิทยาลัยพะเยา ในคราวประชุมครั้งที่ 6/2563 เมื่อวันที่ 20 กันยายน พ.ศ. 2563 ซึ่งเป็นหน่วยงานระดับกอง ภายใต้สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยพะเยา
ต่อมา มหาวิทยาลัยพะเยาได้มีการแบ่งหน่วยงานภายในส่วนงานบริหารมหาวิทยาลัยพะเยา เพิ่มเติม ได้แก่ กองทรัพย์สิน ตั้งแต่วันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2565 ตามมติสภามหาวิทยาลัยพะเยา ในคราวประชุมครั้งที่ 1/2565 เมื่อวันที่ 15 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2565 และได้แบ่งหน่วยงานย่อย ระดับงาน ภายในกองทรัพย์สิน ตามประกาศมหาวิทยาลัยพะเยา เรื่อง การแบ่งหน่วยงานย่อย ระดับงาน ภายในกองทรัพย์สิน พ.ศ. 2565 ออกเป็น 4 งาน ดังนี้ 1) งานธุรการ 2) งานบริหารพื้นที่ 3) งานร้านค้าสวัสดิการ และ 4) งานโรงแรมฟ้ามุ่ยและเอื้องคำ